办学主体不同
一般来说，各大学都有成人教育学院或者继续教育学院，也就是函授的上课的地方，所以说函授的办学注意一般是大学的办学主体，也就是国家。但是随着函授越来越受欢迎，现在也有一些函授是社会力量办学的。
自考一般都是个人和民间机构办学的，但是也会有一些是各大学办的，但是一般这种的都是打着大学的旗号办学的。
毕业文凭不同
函授毕业之后的文凭是你报考的大学的成教学院发放的，你考上了哪个大学的函授，毕业时就会盖有哪个大学的章，因为函授的办学主体是各大学，所以说函授毕业的文凭就是你报考的大学。
自考毕业之后的文凭会有两个章，一个是主考院校的章，另一个章是当地的自考机构的章。一般来说，函授比自考的毕业文凭的含金量更低一些，因为函授比自考的学习内容要简单，而且难易程度也要低一些。
考试方式不同
想要念函授的话，只有通过国家统一的成人高考考试，才能入学就读。函授也像高考一样，也是需要填志愿的。函授的入学模式是“严进宽出”，只有通过考试才能入学，但是只要考上了，毕业都不会很难，就像普通高中一样。
自考的入学模式和函授恰恰相反，自考的入学模式是“宽进严出”，自考考生在入学的时候不需要通过考试，直接就能够入学，但是自考生想得到国家承认的毕业证，就得一门一门的通过国家的考试。所不同的是，自考是全都是由国家出题考试，难度最大。这也是为什么大家都说自考比函授含金量更大一些的原因。
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